На особо охраняемых территориях федерального значения в завершающую фазу вступают работы по проведению зимнего маршрутного учёта (ЗМУ) – одного из ведущих методов мониторинга численности лесных зверей и птиц. Он позволяет определять тенденции изменения численности животных и составлять прогнозы о динамике видового состава фауны.
В Полистовском заповеднике (Псковская область) данный вид исследований применяется как на ООПТ, так и на территории охранной зоны, урочищ на месте бывших деревень. В ходе работ практически на всех пройденных маршрутах встречены следы хищников семейства псовых. В отдельных, удалённых от населённых пунктов местах, отмечен след достаточно редкого хищника – рыси. Повсеместно встречаются следы некрупных хищников семейства куньих: ласки, горностая, хоря, норки, но чаще всего, конечно, лесной куницы. Из копытных животных обычны лоси, значительно реже встречаются косули и кабаны. Отрадно констатировать, что повышается численность редкого в Европе вида – среднерусской белой куропатки.
В Окском заповеднике (Рязанская область) в период устойчивого снегового покрова четырежды проводят учет млекопитающих на постоянных маршрутах заповедника, биосферного полигона (Лакашинское, Чарусское, Комсомольское и Куршинское лесничества), охранной зоны и заказника Рязанский.
На сегодняшний день проведено уже три ЗМУ. Для полной картины размещения и численности животных на ООПТ необходимо будет провести еще один учет.
В Алтайском биосферном заповеднике (Республика Алтай) в феврале нынешнего года было пройдено 212 км. Исследования проводились преимущественно на Белинском участке заповедника и охватили все высотные пояса. Данные, полученные в ходе проведения ЗМУ, позволили получить предварительные сведения о численности и территориальном распределении животных в окрестностях кордона Беле и села Яйлю.
В Сихотэ-Алинском заповеднике (Приморский край) ежегодный зимний маршрутный учет завершен.
В ходе учета были отмечены следы 17 видов животных, включая амурского тигра. Помимо этого, зарегистрированы следы еще двух представителей семейства кошачьих – дальневосточного лесного кота и рыси. Кроме того, были отмечены следы пяти видов копытных, трех видов куньих, двух видов псовых. Визуальных встреч по время учета зафиксировано немного: в основном учетчики встречали пятнистых оленей и кабанов на побережье.
После завершения ЗМУ на заповедных территориях научными сотрудниками проводится статистическая обработка полевых дневников и учётных карточек, переписываются на компьютер и тщательно анализируются треки с навигаторов. Полученные данные поступают в научные фонды заповедников, используются при написании Летописи природы, предоставляются в федеральные и региональные органы. Таким образом, ООПТ вносят вклад в глобальный экологический мониторинг, служат модельной территорией для изучения механизмов функционирования сложных природных систем.