Все степные участки заповедника входят в состав Алтае-Саянской горной страны и располагаются в пределах Минусинской (или Назарово-Минусинской) межгорной впадины, которая включает несколько самостоятельных впадин, разделенных хребтами-перемычками.
К ним относятся: участок «Озеро Шира», участок «Озеро Иткуль», участок «Озеро Белё», участок «Оглахты», участок «Камызякская степь с озером Улуг-Коль», участок «Хол-Богаз», участок «Подзаплоты».
Озеро Шира - сильно минерализированный водоем, обладающий высокими лечебными качествами. Здесь можно поправить здоровье и увидеть раннескифские курганные могильники. Озеро «Иткуль» считается самым чистым из всех степных озер Хакасии. Здесь находится несколько курганов афанасьевской, окуневской и карасукской археологических культур.
Вода в озере «Белё» близка по солевому составу к морской. Однако несмотря на это, в озере обитает аборигенная популяция окуня, приспособившаяся жить в соленой воде. Отдельные экземпляры окуня достигают весом до 3-4 кг, средний вес рыбы не превышает 1- ,5 кг. Рядом с озером расположилась гора Чалпан с крепостью тагаро-таштыкского времени, на южном склоне горы отмечено 5 писаниц, датируемых от 2 тыс. до н. э. до 8-9 вв., у подножия горы располагаются могильники тагарской и таштыкской культур.
Горный массив Оглахты является самым крупным в Хакасии местонахождением петроглифов, сохранившим тысячи древних изображений всех эпох и стилей, известных на территории республики, и считается своеобразной «каменной летописью» Хакасии. История наскального искусства Оглахты насчитывает предположительно около 5 тыс. лет. На скалах и плитах восточного, южного и юго-западного склонов горного массива, нанесены около 4 тысяч древнейших рисунков.
«Камызякская степь с озером Улух-Коль» является ключевой орнитологической территорией международного статуса, входит в состав водно-болотных угодий, внесённых в Перспективный список Рамсарской конвенции. Здесь можно увидеть древние курганы, большинство которых создано в период тагарской археологической культуры.
Участок «Хол-Богаз» с богатой фауной и флорой расположился в районе хребта Азыр-Тал Батеневского низкогорного кряжа Кузнецкого Алатау.
На участке «Подзаплоты» находятся наскальные писаницы таштыкской эпохи, курганы тагарской культуры, а на вершине Скалистых гор находятся остатки крепости, построенной в древности в качестве оборонительного сооружения и наблюдательного пункта. В 13 км от участка расположен природно-исторический памятник республиканского значения - горная гряда Сундуки.
К горно-таежной группе относятся 2 участка, расположенных в среднегорной и высокогорной части северного макросклона Западного Саяна: участок «Малый Абакан» и знаменитая «Заимка Лыковых».
Участок «Малый Абакан» включает три основных типа рельефа - альпийский высокогорный, массивно-высокогорный и среднегорный эрозионный.
Альпийский высокогорный рельеф распространен по хребтам, превышающим высоту 2000 м. Массивно-высокогорный рельеф занимает значительную часть территории и распространен на высотах 1600-2000 м. Среднегорный рельеф развит до высоты 1600 м. Здесь обитает северный олень, бобр обыкновенный западносибирский подвид, американская норка и кабан.
Участок «Заимка Лыковых» - это эталон дикой природы Северного склона Западного Саяна. Он получил свое название благодаря семьи старообрядцев Лыковых, которые проживали на в устье р. Еринат с 1920-х гг. Здесь можно встретить редких и исчезающих видов животных и птиц, занесённых в Красные книги РФ и РХ: чёрного аиста, скопу, северного оленя, речную выдру, кабаргу, козла горного сибирского и даже снежного барса.
Каждая экскурсия по заповеднику - приключение. Здесь есть что посмотреть и есть чему удивиться даже искушенному туристу.