Растение занесено в Красные книги Адыгеи и Краснодарского края. Водно-болотное растение обычно встречается в северных областях. Благодаря необычно красивым соцветиям в народе вахта получила название «болотная сирень». На Кавказ этот вид проник в ледниковый период и сохранился здесь только в двух местах: в Кавказском и Тебердинском заповедниках.
Как сообщили EcoTourism Expert в природоохранной организации, в Кавказском заповеднике вахта трехлистая произрастает на болотах, которые представляют собой пример угасающих реликтовых озёрно-болотных образований. Их возраст насчитывает до 10 тысяч лет. Такие комплексы сохранились в долинах рек Белая, Уруштен и Мзымта. При этом вахту трехлистную на Кавказе можно увидеть лишь на болотце Фишт-Оштенского массива. Площадь ее произрастания не превышает 0,02 гектара.
